随着时间的推移，政治、经济和外交上的巨大分歧使得两派的斗争越来越激烈，美国的政党逐渐产生并发展起来了。1791年，汉密尔顿建立了联邦党。同年，国会中出现了“共和党利益集团”，杰斐逊和麦迪逊是该集团的领袖。翌年，民主共和党成立。联邦党人是国家主义者，思想较保守，主要支持者分布在沿海各州，特别是北方地区，领导层多为富有的商人、律师、大地主和银行家等人士。民主共和党人则是州权主张者，他们要求有更多的民主和自由，信奉重农主义，视农业社会为理想社会。
  此间，杰斐逊和汉密尔顿之间的政治分歧愈演愈烈，对立情绪日增。正如杰斐逊在一封信中所言，两人就像“斗鸡场上的两只公鸡”，假如杰斐逊说：“这是黑的，先生！”汉密尔顿就会肯定地说：“这是白的！”无休无止的争辩使得杰斐逊的厌倦情绪日增。1793年12月，他辞去国务卿职务，回到弗吉尼亚他自己设计建造的私邸——蒙蒂塞洛。
  汉密尔顿继续留在内阁，实际控制着联邦政府机构的运作，推行他那一套理念和财政政策。然而，1794年《杰伊条约》签定所引发的轩然大波，使他不得不也递交了辞呈。事情源于英法战争中英方对美国商船的截夺。美国政府为此派最高法院首席法官约翰•；杰伊同英国谈判，签定了《杰伊条约》，对英国作出重大让步。条约一经宣布，民主共和党人和下层民众纷纷起而攻击之，认为杰伊出卖了美国的利益，是向自由的敌人——英国可耻地投降。汉密尔顿公开为该条约辩护，引起公愤，于是在杰斐逊离开之后的第二年，他也离开了华盛顿政府。
  杰斐逊和汉密尔顿虽相继退出联邦政府，但争论并未因此而平息，两党更未因此而销声匿迹。在《杰伊条约》的争论中，两党分别举行了本党核心会议。这种政党活动方式的出现，标志着美国两大政党已日益走向成熟，政党制开始具体化。并且，这场争论延续到1796年竞选运动，成为大选中的关键问题之一。
  托马斯·杰斐逊：一波三折主白宫首次交锋三票落选
  1796年，华盛顿去意已决，不再继续连任。谁将是未来总统职务的继承者——这成了美国民众心中巨大的悬念。无论是联邦党人还是民主共和党人都已有问鼎之意，但在华盛顿没有公开表明态度之前，都只是在私下里忙碌，未公开采取行动。是年9月，华盛顿发表了著名的《告别辞》。演说中，他回顾了8年的总统生涯，宣布告别政坛。《告别辞》用了很大的篇幅谈及国内形势和政党兴起所带来的问题，告诫人们要清醒地认识党派斗争和同外国结盟的危害性。然而，让华盛顿意想不到的是，正是他的这篇演说成了两大党派角逐白宫的信号。两党就此公开自己的候选人，1796年的竞选由幕后转到了台前。
  副总统约翰•；亚当斯是联邦党人顺理成章的选择。亚当斯生于马萨诸塞，求学于哈佛，任过教也做过律师。他很早就投身反抗英国殖民统治的斗争，在独立战争中与华盛顿、杰斐逊并肩作战，风雨同舟，建立了累累功勋，被视为美国开国元勋之一。在那个英雄辈出的革命年代，亚当斯的锋芒往往被别人盖过。然而他自有过人之处，他知识渊博，擅长法律和外交事务。他既善于国事活动，勉力工作，又置身于风波四起的党派纷争之外。长期以来，亚当斯一直立场鲜明地站在华盛顿一边，尤其在《杰伊条约》给华盛顿带来极大困扰的时候，因此深得华盛顿的信赖。亚当斯任副总统达8年之久，又得到即将离任的华盛顿推荐。但当联邦党提名亚当斯为总统候选人时，亚当斯却认为积极争取职位是不合适的，他对竞选保持低调。
  民主共和党人则瞒着杰斐逊将他作为候选人。1793年离开内阁时，杰斐逊就“下决心永远不再回来”。在隐居的日子里，他全身心地投入庄园和家庭事务，对政治不闻不问，甚至连报纸也不看。但政治注定是杰斐逊一生爱恨交加的事业，他很快就发现自己躲避不了它。他的朋友麦迪逊定期写信告诉他局势，其他民主共和党领袖也常常写信或寄政治小册子给他，甚至到蒙蒂塞洛去拜访他……努力没有白费，杰斐逊的内心进行着激烈斗争——隐居愿望和参与政治的强烈愿望之间的斗争。尽管他依旧沉默如故，但他也没有公开表示反对提名他为民主共和党总统候选人。在深谙他秉性的朋友们看来，这实际上等于接受了提名。
  同两位当事人淡漠的态度形成巨大反差的是他们的政党和追随者。在这场总统竞选中进行真正角逐的不是候选人，而是他们各自的政党和党徒。他们急切地投入到竞选中去。报纸上尽是竞选活动的文章、政治声明以及竞选运动的报道。双方还动用了传单、小册子和党报，极尽辩论、诽谤和攻讦之能事。
  民主共和党人吹捧杰斐逊是“民众权利坚贞不渝的良友”，“一贯主张公民享有平等权利”，同时指责亚当斯是“世袭权力的吹鼓手”，“拥护等级、称号和世袭封位”。他们的传单频频地告诉选民，杰斐逊是坚定的共和主义者，亚当斯是公开表白的君主主义者，此次大选是要决定“由共和主义的杰斐逊还是保皇主义的亚当斯来出任美国总统”。民主共和党人甚至还提醒选民说，亚当斯有儿子，他们很有可能仿效欧洲君主的传统做法，子承父业；而杰斐逊和华盛顿一样没有子嗣，因而无此危险。他们强调是杰斐逊执笔起草了《独立宣言》，而亚当斯是“最赞赏英国宪法的人”。他们还宣称杰斐逊具备“当总统的一切必要条件——品德一贯良好，坚韧不拔，有一种抑制不住的对自由的热爱……而且具有渊博的政治知识”。此外，杰斐逊的支持者还针对某些指控为他进行了辩护，如任弗吉尼亚州长管理不善，反对宪法等。
  联邦党人则针锋相对，不遗余力地对杰斐逊进行攻击。早在大选开始后不久，就有一名众议员向选民散发了一封公开信，称杰斐逊“学问不少，然而主要是在科学方面，而对一个政治家来说，这没多大用处，因为政治家要做的是判断行为而不是著书”。此议员表示他很愿意承认杰斐逊“很有文学天才”，甚至赞赏他在撰写外交文件方面有纯熟的技巧。“但是从他的公职表现来看，我认为他是个软弱、动摇、优柔寡断的人，应该采取行动时却思虑重重，而确想去干时，又常常不沉着，没有判断力或坚持不下去……总是在执行一套空想的理论，往往又是自相矛盾：像大多数文人一样，很爱听恭维话。”他还认为杰斐逊“适于当学院的教授、科学研究会的主席，甚至可以当国务卿，但绝不能当一个伟大国家的第一把手”。
  ……
  就这样，两党都夸大其辞地丑化对方候选人：亚当斯成了渴望在美国实行君主政体和不相信人民的暴君，他不仅是“信誓旦旦的君主的朋友”，还阴谋使儿子们“成为这个国家的诸侯和贵族”。杰斐逊被冠以如下头衔：无神论者、无政府主义者、煽动者、懦夫、江湖骗子和法国狂。他的追随者也不能幸免，被描绘成“穿着破衣烂衫，睡在污秽和虱虫堆中的凶手”。
  10月底，民主共和党陷于窘境。事情因法国驻美公使皮埃尔•；阿德而起。在宾夕法尼亚投票前一周，阿德向美国政府递交照会，公开斥责联邦政府的对外政策。两周后，他甚至宣布中断自己驻美公使的职务“以示不满”。阿德本想制造一种同法国对抗的气氛来影响大选，而使一向同情法国的杰斐逊处于有利地位，以为这样一来杰斐逊就会被认为是和平解决的最有希望的候选人，从而提升其在选民中的地位。但事与愿违，阿德帮了个倒忙。联邦党人义愤填膺地称阿德的行径是“对一个独立国家尊严的令人不能容忍的侵害”，并指出这证明了杰斐逊是外国势力的工具。民主共和党人则连忙表示对阿德的做法不承担任何责任，并不得不进行自我辩护。但是，阿德事件产生的不良后果已无法消除了，特别是在人们还对华盛顿在告别演说中要大家警惕“外国势力阴谋奸诈的诡计”的告诫记忆犹新时。
  如同1788年和1792年，1796年总统大选也是先在各州选出选举人，再由选举人投票选举正副总统。但由于宪法没有规定总统选举人如何推选，因而各州自行决定投票方式。当时的16个州中，有6个州采取或由区选举或在一张总选票上进行民众选举的方法，7个州由立法机关来投票，还有3个州采用混合的方法。
  由于各州的投票时间不尽相同，杰斐逊只能在蒙蒂塞洛等着缓缓而来的报告。12月中旬，选举已近尾声，他写信给麦迪逊说：“在上帝面前起誓，如果能够获胜，我将从心底里感到高兴。”“我现在最想知道的是，我的名字是第二还是第三。”他说若是第三，就可以整年呆在家中；若是第二，则可在家中呆上2/3的时间。假如选举人团投票出现平局，他将授权麦迪逊代表他动员大家投亚当斯的票。他说：“我开始步入公职生活时，亚当斯就一直是我的前辈；我们在表达公众意志方面是同等的，所以在这种情况下，应让他优先。”
  选举统计结果终于出来了，参加这年选举的13位候选人中：亚当斯得71票，杰斐逊68票。另外，联邦党推出的副总统人选托马斯•；平尼克获59票，民主共和党持不同政见者艾伦•；伯尔获30票。亚当斯在新英格兰、纽约、新泽西和特拉华获全票，在马里兰10个区的7个区里获胜。杰斐逊在宾夕法尼亚的15张选票中得14票，在弗吉尼亚的21票中得20票，在北卡罗来纳的12票中得11票，并且在南卡罗来纳、佐治亚、肯塔基和田纳西诸州获全胜。61岁的亚当斯以领先三票的优势赢得了这场角逐，失望的民主共和党人因此嘲笑他是“三票总统”。
  当时，由于宪法没有规定分别投票选举总统和副总统，而是规定得票次多的候选人任副职，因此亚当斯当选为总统，杰斐逊当选为副总统。1796年大选产生的总统和副总统分别来自不同的政党，这也是日后美国总统选举史上所没有的一个独特的现象。
  许多人怀疑杰斐逊是否会接受副职。事实上，杰斐逊对位居“第二”，可以有2/3的时间呆在家中是相当满意的，他只是对投票结果如此接近感到意外，用他的话来说，“68票和71票之间的差别是微不足道的”。他对那位革命时代的马萨诸塞州同事一直未失去信任，何况，他认为共和国的威胁并不是来自亚当斯。他欣然接受副职，并说：“第二职位是光荣而轻松的，而第一个位子是光辉而痛苦的。”
  果然，亚当斯没过多久也认识到了这一点。
  托马斯·杰斐逊：一波三折主白宫再度较量一波三折（1）
  1797年3月4日，亚当斯的就职仪式在友好的气氛中举行，联邦党总统和民主共和党副总统之间未显出任何党派分歧。相反，联邦党内很快出现了对立。
  事情是由“XYZ事件”引起的。《杰伊条约》签定后，美法关系恶化，法国政府认为该条约是美英联盟，它实质上违反了美法之间的友好通商条约，于是便采取报复手段掠夺、扣留美国船只，给美国海上交通和商务造成巨大损失。在这种情况下，亚当斯政府派遣三位使节前往法国谈判，但是法国外交部长避而不见，而是派了三个代理人与之周旋。他们傲慢地提出，只有在美国政府贷款给法国1200万美元，并送给外交部长本人25万美元后，三位使节才能得到部长的接见。后来，亚当斯在给国会的咨文中将这三个代理人分别称为X、Y、Z，该外交事件因而被称为“XYZ事件”。“XYZ事件”在美国披露后，反法浪潮席卷全国，美法之间出现了“准战争”的状态。即使这样，亚当斯还是在1799年派了一个和平团去法国，以避免合众国与法国开战的愚蠢行动。但是在战争会深得民心的情况下，和平谈判被看作是懦弱和优柔寡断的表现，更何况时任陆军总司令华盛顿第一助手的汉密尔顿气势凌人，执意要对法国开战。两人的裂痕越来越大，汉密尔顿和他的支持者认为总统不可救药。
  一波未平，一波又起。1798年，亚当斯借口战争危险，一连颁布四项法令：《归化法》《客籍法》《敌对外侨法》和《惩治煽动叛乱法》，以打击持不同政见者及其反政府的宣传，遏制民主共和党的进一步发展。前3项法令主要是针对法国和爱尔兰移民，他们都是民主共和党的支持者。而《惩治煽动